In Japan existieren mehrere Religionen nebeneinander, die sich über die Jahrhunderte hinweg etabliert haben. Der ursprüngliche einheimische Glaube ist der Shintoismus. Er hat keinen Gründer und keine Lehre, aber er ist tief im japanischen Volk verwurzelt. Die shintoistischen Götter heißen Kami und sind heilige Geister, die in den Shintoschreinen wohnen. Sie können verschiedene Formen der Natur annehmen wie Sonne, Felsen oder Wind, personifizieren aber auch manchmal Vorfahren oder Familienbeschützer.

Die wichtigste Gottheit ist die Sonnengöttin Amaterasu Omikami, aber es gibt keinen absoluten Gott wie zum Beispiel im Christentum. Shinto ist eine optimistische Religion, die davon ausgeht, dass alle Menschen grundsätzlich gut sind und das Böse von bösen Geistern verursacht wird. Shinto-Priester führen an den Schreinen Rituale durch, die das Böse durch reinigende Gebete und Opfergaben fern halten.

Zur Zeit der Meiji-Restauration im 19. Jahrhundert war Shinto Staatsreligion und diente in Verbindung mit den Entstehungsmythen Japans der Erzeugung nationalistischer Gefühle und der Stärkung der Position des Kaisers. Heute ist Shinto eine Religion wie die anderen auch. Zu shintoistischer Kunst gehören neben den Schreinen auch das No-Theater und die Kalligraphie.

Im 3. Jahrhundert kam der Konfuzianismus über Korea nach Japan. Neben dem Taoismus und dem Buddhismus ist der Konfuzianismus eine der drei traditionellen Religionen Chinas. Ihr Gründer Konfuzius lebte im fünften Jahrhundert vor Christus in China. Seine wichtigsten Prinzipien sind Loyalität und gegenseitige Rücksicht. Der Einfluss des Konfuzianismus auf die japanische Gesellschaft war sehr prägend.

Im 6. Jahrhundert nach Christus wurde der Buddhismus, ebenfalls über Korea, in Japan eingeführt. Er basiert auf den Lehren des Buddha Gautama Siddhartha, der im 6. Jahrhundert vor Christus in Indien lebte. Die zentrale Idee des Buddhismus ist es, sich von dem durch weltliche Begierden, Krankheit und Verlust hervorgerufenen Leiden zu lösen und einen Zustand der inneren Erleuchtung zu erreichen.

Nach anfänglichen Konflikten konnten Buddhismus und Shintoismus gut nebeneinander existieren und sich sogar gegenseitig ergänzen. Buddhistische Klöster mit politischem und militärischem Ehrgeiz waren der japanischen Regierung über Jahrhunderte hinweg ein Dorn im Auge. Im Laufe der Zeit bildeten sich zudem etliche Sekten heraus, deren bekannteste vermutlich die Zen-Sekte ist, die im 12. Jahrhundert entstand und besonders für die Samurai von Bedeutung war. Wichtig im Zen-Buddhismus sind Erleuchtung durch Meditation und strenge Selbstdisziplin.

Im 16. Jahrhundert kamen die ersten europäischen Einwanderer aus Portugal nach Japan und brachten neben dem Schießpulver auch das Christentum. Anfangs bemühten sich vor allem jesuitische Missionare um die Bekehrung der Japaner, später waren es auch Franziskanermönche. Hundert Jahre später war das Christentum durch ein Verbot und die Verfolgung der Christen durch die Regierung nahezu ausgelöscht, aber mit der Religionsfreiheit Ende des 19. Jahrhunderts stieg die Zahl der Christen wieder.